Сгниют?

заплесневеть, заболеть могут, не сгниют, деревья взрослые. Воду отсосать или закидать землей\песком до верху, чтоб вытеснить воду. Но это мой непрофессиональный взгляд.

Нет, думаю, все будет хорошо, деревья взрослые. Ведь весной часто в низинах и у воды деревья стоят в воде — и ничего. Не вижу, что за дерево, знаю, что для косточковых это не очень хорошо, плоды могут загнивать изнутри, думаю, как только появится листва, нужно хорошенько подкормить деревья для укрепления их жизненных сил — вот они и справятся Вам на радость.

Ну что ж, это весна, солнце пригреет и испарит, а деревьям вода нужна.

До 2х недель весеннее половодье — это нормально. Деревья еще спят. не сгниют. Когда сойдет вода прорыхлите вилами приствольные круги на диаметр кроны, чтобы воздух поступал к корням. И будет им счастье.

должно помочь